学校现有国家重点学科4个：中医外科、中药学、中医内科及中医骨伤科学，另有国家重点学科（培育）2个：中医医史文献学、针灸推拿学；上海市重点学科9个。上海市高校E-研究院2个；上海市教委第五期重点学科5个。
教育部高等学校重点学科（国家级重点学科）3个：
中医外科
中药学
中医内科
上海市重点学科7个：
中药学（重中之重学科）、中医内科学、中医系统实验方剂学、中医医史文献学、针灸推拿学、中医骨伤科学、中医外科学
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